A seis meses de la desaparición del ARA San Juan, se  manejan diversas hipótesis sobre lo que podría haber ocurrido con la nave una de ellas es que: la unidad naval no estaba en condiciones debido a la falta de mantenimiento.

Otra hipótesis  es un desperfecto de una válvula que debió evitar el ingreso de agua y no lo hizo. La descripción y ubicación de la misma se mantiene bajo estricta reserva.

En una reciente entrevista, la Jueza dijo que es posible «llegar a la verdad» aunque el submarino nunca sea hallado. Para los investigadores, la falla de esta válvula se produjo porque no estaba estanca, es decir, el disco que cierra sobre dos labios no lo hizo de forma correcta.

Para intentar arribar a esta conclusión, la Justicia se basa en documentos entregados por la Armada que exponen el alarmante estado de la unidad y en los que se pide el ingreso a dique seco de la misma para ser reparada. Un informe de la Inspección General de la Armada de 2016 detalló inconvenientes en las válvulas del submarino.